Doanh nghiệp có trách nhiệm tổ chức bộ máy kế toán và phân cấp hạch toán ở các đơn vị hạch toán phụ thuộc phù hợp với đặc điểm hoạt động, yêu cầu quản lý của mình và không trái với quy định của pháp luật.
Doanh nghiệp quyết định việc kế toán tại đơn vị hạch toán phụ thuộc có tổ chức bộ máy kế toán riêng đối với:
+ Việc ghi nhận khoản vốn kinh doanh được doanh nghiệp cấp: Doanh nghiệp quyết định đơn vị hạch toán phụ thuộc ghi nhận là nợ phải trả hoặc vốn chủ sở hữu;
+ Đối với các giao dịch mua, bán, điều chuyển sản phẩm, hàng hóa, dịch vụ nội bộ, việc ghi nhận doanh thu, giá vốn tại từng đơn vị hạch toán phụ thuộc do doanh nghiệp quyết định, không phụ thuộc vào hình thức của chứng từ kế toán (hóa đơn hay chứng từ luân chuyển nội bộ).
Trường hợp sự luân chuyển sản phẩm, hàng hóa, dịch vụ giữa các khâu trong nội bộ về bản chất tạo ra giá trị gia tăng trong sản phẩm, hàng hóa, dịch vụ thì doanh nghiệp nên ghi nhận doanh thu, giá vốn tại các đơn vị hạch toán phụ thuộc.
+ Việc phân cấp kế toán tại đơn vị hạch toán phụ thuộc:Tùy thuộc mô hình tổ chức kế toán tập trung hay phân tán, doanh nghiệp có thể giao đơn vị hạch toán phụ thuộc phản ánh đến lợi nhuận sau thuế chưa phân phối hoặc chỉ phản ánh đến doanh thu, chi phí.